Tomographe

Sommaire

Objectif #

Un tomographe correspond à une source de rayons X qui traversent un corps humain ou un objet. On ne connait pas la composition interne de ce corps ou de cet objet, mais l’atténuation des rayons va nous fournir des indices sur cette composition. En effet les tissus traversés atténuent les rayons différemment suivant leur densité.

Au moment de l’acquisition, la densité des tissus n’est pas connue de manière directe : le tomographe mesure la projection de ces informations, par cumul des densités rencontrées le long de rayons. Dans notre modèle, ces rayons sont parallèles à une direction fixée. Lorsque l’acquisition dans une direction est achevée, le tomographe se déplace afin de passer à une direction différente des rayons. La densité doit être retrouvée à partir des valeurs projetées et c’est ce que nous nous proposons de faire au cours de ce stage. Les volumes étudiés en tomographie médicale sont 3D au sens où le tomographe permet de retrouver la densité des tissus en tout point d’un volume 3D, mais dans le cadre de notre travail, nous allons nous familiariser avec le principe de la tomographie en nous restreignant au cas 2D, avec la reconstruction d’images planes. Dans ce cas nous retrouvons l’information d’une zone 2D en la traversant avec des rayons du plan 2D.

Sujet (version mise à jour avec les éléments vus pendant la matinée de lancement).

Équipe encadrante #

Raphaëlle Chaine et Julie Digne

Code #

Un petit code à trou vous donnera des commandes utiles pour lire et sauver une image, lire un fichier de projections et parcourir une image. Il utilise les librairies numpy et PIL (qu’il faut installer avec pip)

programme_exemple.py

Pour des informations concernant python : https://courspython.com/

Des images au format PGM ascii (P2) ou binaire (P5) #

Nous utiliserons des images PGM binaires (ou des JPG). Une librairie Python permet de les charger dans un tableau à deux dimensions.

Images mystères #

Voici plusieurs images mystères à décoder pour lesquelles nous vous donnons les projections (voir le code ci dessus pour la syntaxe), elles sont données par ordre de difficulté.

Disponibilités #

lundi 17 juin dans la matinée
mardi 18 juin matin
mercredi 20 juin en tout début d’après-midi
jeudi 27 juin après midi
vendredi 28 juin matin